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PHREEQC(フリークまたはプリーク)について
僕の覚え書き
概要紹介
phreeqの概要(何ができるか)は、以下のサイトが良いと思う。このほか、下記にあるDr.Appeloのサイトも参考になることが多い。なお本家USGSのサイトには、このソフトで何ができるかについては書いていない。
2008年頃から、土木分野で重金属が話題になり、誰も彼もがphreeqだと言い始めました。しかしこのphreeqは熱力学の知識と鉱物の知識、それとFieldでの分析知識がないと正しい解析ができません。確かにこのソフトは単なる計算機ではありますが、分析値をそのまま入れれば、結果が得られるというものではありません。十分に注意をして利用していただければと思います。
なおPhreeq以外の地球化学コードを用いたシミュレーションソフトについては、以下に紹介をしてあるので、参考にしてほしい。いずれも英語で書かれています。
Useful Links
Databases
- PHREEQCに内蔵されている熱力学データベースについて
- PHREEQC.DAT is the smallest.WATEQ4F.DAT has additional data for heavy metals, MINTEQ.DAT has a few more organic chemicals, and LLNL.DAT is a huge database with many minerals and large-range, temperature dependent equilibrium constants.
Mainly redox couples
- Mainly
- Fe3+ / Fe2+
- O2(aq) / H2O
- HS- / SO42-
- HS- / Srhombic
- NO2- / NO3-
- NH4+ / NO3-
- NH4+ / NO2-
- CH4(aq) / HCO3-
- NH4+ / N2(aq)
- Fe2+ / Fe(OH)3(s)
AquaChemをphreeqのプリプロセッサーとして使用する場合の注意点
AquaChemは日本語版ではなく、英語のものをご購入されることを、強くお薦めします
- データインプットでのNH4+とは
- NH4+とは、文字通りのもので、NH4+-Nではありません。
- データインプットでのEhに関する注意
- AquaChemでの表示はmVとなっていますが、これはAquaChemのプログラムミスで、単位はVです。Vを入れなければなりません。もちろん計算させるとわかりますけれど。ただし、AquaChemは表示だけを変えることができる(PreferencesのData
structureのDisplay label)ので、あらかじめ間違えがないように、mVをVに変えておくのも良い方法と思います。入力する値は、もちろんEh(Pt/H2)です。
- Win2000での設定(たぶんXPでも同じだと思うが、使ったことがないので詳細不明)
- PHREEQC関係のプログラムは、あらかじめDOSのコマンドラインで起動できるようなディレクトリにコピーして、この場所をAquaChemの設定で記憶させておかなければなりません。僕の場合は、C:\PHREEQC\*.*
に本体とデータ関係をコピーして、これを利用するようにしています。
- テキストデータファイルをAquaChemにインポートする際の注意
- 各masterspeciesデータは、使用するthermodynamic databaseと同じヘッダータグ(Internal
Name)になければなりません。同じでなければ、Phreeqcへはインポートされません。Dr.
Lukas Calmbachからのメールによると「AquaChem parameter name has to be added
at the end of the line as a comment (#parameter name) in thermodynamic
database(e.g.:phreeqc.dat).」という事です。なお、各thermodynamic databaseには、含まれているmasterspeciesデータに特徴がありますので、必ず中身を確認して下さい。
いきなり完全に新しいAquaChemにて、データを作るのは非常に困難です。一度サンプルファイルをtemplateとして読み込んでから、Data
structureをインポートファイルに合わせて変え、その後インポートファイルを読み込ませた方が、早くて楽です。
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地下水流動シミュレーションとの連成
手に入れやすいものは以下のソフトです。
- phast(ファースト):USGSのソフトウエア(GoPhast;Graphical User Interface for PHAST)
- PHT3D:processing modflow のアドインとして動く
- ModelMuse:A Graphical User Interface for MODFLOW-2005 and PHAST
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